Задержка развития, умственная отсталость и расстройства аутистического спектра, NGS-панель

Синонимы: Секвенирование нового поколения; NGS-панель.

NGS-panel; Developmental delay, intellectual disability and autism spectrum disorders.

Краткое описание исследования «Задержка развития, умственная отсталость и расстройства аутистического спектра, NGS-панель»

Панель «Задержка развития, умственная отсталость и расстройства аутистического спектра» направлена на поиск генетических причин:

• задержки психоречевого развития (ЗПР);
• умственной отсталости (УО);
• расстройств аутистического спектра (РАС).

Включает анализ 229 генов, для которых описана ассоциация с вышеуказанными состояниями.

Вероятность генетических причин заболеваний возрастает при исключении негенетических причин ЗПР, УО и РАС, таких как:

• внутриутробное поражение плода инфекционной или иной природы;
• глубокая недоношенность;
• асфиксия;
• родовая травма;
• патология центральной нервной системы.

Панель включает поиск:

• однонуклеотидных и мультинуклеотидных вариантов (SNV и MNV) в экзонах всех клинически значимых генов;
• малых вставок-делеций (in/del) до 50 пар нуклеотидов в экзонах всех клинически значимых генов;
• вариаций числа копий генов (CNV), делеции/микроделеции и дупликации/микродупликации среднего и крупного размера (с ограничениями).

Анализ ДНК проводится по технологии секвенирования нового поколения NGS. Среднее покрытие целевых участков секвенирования в исследуемых генах составляет не менее 70х. Это позволяет осуществлять выявление вариантов, в среднем, не менее чем в 98% целевых участков, входящих в исследование. Для сложных участков генома среднее покрытие может быть ниже.

Оценка патогенности выявленных вариантов проводится с использованием специальных алгоритмов, которые позволяют выделить наиболее клинически значимые варианты в соответствии с критериями ACMG.

Не менее важным для уточнения патогенности вариантов является сопоставление результатов генетического тестирования с клинической картиной пациента.

Может быть рекомендовано обследование родителей пробанда или других родственников для установления происхождения обнаруженных вариантов (наследуемый или de novo).

С какой целью выполняют исследование

Диагностика генетических причин задержки психоречевого развития (ЗПР), умственной отсталости (УО) и/или расстройств аутистического спектра (РАС).

Литература

1. Sandoval-Talamantes A. K. et al. NGS Custom Panel Implementation in Patients with Non-Syndromic Autism Spectrum Disorders in the Clinical Routine of a Tertiary Hospital //Genes. – 2023. – Т. 14. – №. 11. – С. 2091.
2. Stefanski A. et al. Clinical sequencing yield in epilepsy, autism spectrum disorder, and intellectual disability: a systematic review and meta‐analysis //Epilepsia. – 2021. – Т. 62. – №. 1. – С. 143-151.
3. Wilson R. B. Improving awareness, identification, and treatment of motor impairments in autism //Pediatrics. – 2022. – Т. 149. – №. Supplement 4.

Правила подготовки к исследованию

Специальной подготовки не требуется.

В день сдачи биоматериала не рекомендуется употреблять пищу с высоким содержанием жиров.

Обязательно предоставление клинической информации (выписки/заключения/протокол консультации).

Исследование не следует проводить, если за последние 4 недели пациенту было проведено переливание цельной крови или лейкоцитарной массы или не прошло 120 дней после химиотерапии.

Важно отметить, что некоторые медицинские процедуры, такие как пересадка костного мозга и лечение стволовыми клетками, могут привести к неверным результатам. Необходимо сообщать о наличии в анамнезе таких процедур.

Литература

1. Sandoval-Talamantes A. K. et al. NGS Custom Panel Implementation in Patients with Non-Syndromic Autism Spectrum Disorders in the Clinical Routine of a Tertiary Hospital //Genes. – 2023. – Т. 14. – №. 11. – С. 2091.
2. Stefanski A. et al. Clinical sequencing yield in epilepsy, autism spectrum disorder, and intellectual disability: a systematic review and meta‐analysis //Epilepsia. – 2021. – Т. 62. – №. 1. – С. 143-151.
3. Wilson R. B. Improving awareness, identification, and treatment of motor impairments in autism //Pediatrics. – 2022. – Т. 149. – №. Supplement 4.

В каких случаях проводят анализ «Задержка развития, умственная отсталость и расстройства аутистического спектра, NGS-панель»:

1. Отсутствии негенетических причин задержки психоречевого развития (ЗПР), умственной отсталости (УО) и/или расстройств аутистического спектра (РАС).
2. Наличие у ребенка любого из следующих признаков:

• к году жизни нет лепета, нет жестикуляций, не указывает рукой на предметы, не машет рукой на прощанье и т. п.;
• к полутора годам не выговаривает отдельные слова;
• к двум годам не произносит спонтанно фразы из двух слов (за исключением эхолалии);
• потеря языковых или социальных навыков в любом возрасте.

Литература

1. Sandoval-Talamantes A. K. et al. NGS Custom Panel Implementation in Patients with Non-Syndromic Autism Spectrum Disorders in the Clinical Routine of a Tertiary Hospital //Genes. – 2023. – Т. 14. – №. 11. – С. 2091.
2. Stefanski A. et al. Clinical sequencing yield in epilepsy, autism spectrum disorder, and intellectual disability: a systematic review and meta‐analysis //Epilepsia. – 2021. – Т. 62. – №. 1. – С. 143-151.
3. Wilson R. B. Improving awareness, identification, and treatment of motor impairments in autism //Pediatrics. – 2022. – Т. 149. – №. Supplement 4.

Интерпретация результатов исследования содержит информацию для лечащего врача и не является диагнозом. Информацию из этого раздела нельзя использовать для самодиагностики и самолечения. Точный диагноз ставит врач, используя как результаты данного обследования, так и нужную информацию из других источников: анамнеза, результатов других обследований и т.д.

Интерпретация результатов исследования «Задержка развития, умственная отсталость и расстройства аутистического спектра, NGS-панель»

Для оценки значимости варианта необходимо сопоставление найденных вариантов с клинической картиной пациента, а в некоторых случаях – дополнительный биоинформатический анализ.

Если обнаруженный вариант ранее классифицирован как патогенный, это не означает, что он может быть патогенным и у другого пациента.

Для оценки клинической релевантности выявленных вариантов при дальнейшем анализе необходимо использовать:

• базу данных OMIM;
• специализированные базы данных по отдельным заболеваниям (при наличии);
• литературные данные.

В приоритезированный список включены обнаруженные варианты в кодирующих областях генов, обладающие средним и высоким влиянием на синтез белка (миссенс, нонсенс, сдвиг рамки считывания), а также варианты в сплайсинговых участках генов. Синонимичные варианты (не приводящие к замене аминокислот) и варианты в интронных областях генов, а также варианты с высокой частотой и не описанные ранее как патогенные, не включены в приоритезированный список.

Литература

1. Sandoval-Talamantes A. K. et al. NGS Custom Panel Implementation in Patients with Non-Syndromic Autism Spectrum Disorders in the Clinical Routine of a Tertiary Hospital //Genes. – 2023. – Т. 14. – №. 11. – С. 2091.
2. Stefanski A. et al. Clinical sequencing yield in epilepsy, autism spectrum disorder, and intellectual disability: a systematic review and meta‐analysis //Epilepsia. – 2021. – Т. 62. – №. 1. – С. 143-151.
3. Wilson R. B. Improving awareness, identification, and treatment of motor impairments in autism //Pediatrics. – 2022. – Т. 149. – №. Supplement 4.